主线剧情：
001云霄飞车杀人事件，新一和青梅竹马的毛利兰一起去多罗碧加游乐场玩，在乘坐云霄飞车时遭遇了杀人事件。成功解决案件后，新一跟踪两个神秘的黑衣男子，并目击了一名黑衣男子进行现金交易的现场，正当他全神贯注的时候，不料另一名黑衣男子突然从背后出现，将新一击倒，并灌下了组织新开发的毒药。
054电玩公司杀人事件，在参加满天堂游戏公司的新作发布会时，柯南意外听见黑衣组织成员之一的Tequila给VODKA打电话。不过Tequila旋即被误炸身亡。他本来的目的是想与电玩公司职员中岛交易获得全世界最有才华的程序设计师的名单，柯南迅速赶往中岛经常与之见面的酒吧时，那里却发生了爆炸，线索也随之灰飞烟灭。
128 黑暗组织10亿元抢劫事件，讲述了灰原的姐姐宫野明美被琴酒所杀的情节，为之后灰原出现作铺垫。通过GIN与宫野明美的对话我们得知，与仅仅是组织小卒的姐姐不同，宫野志保是组织里少数有头脑的人之一。
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件，组织代号SHERRY的宫野志保因姐姐被杀以停止APTX4869研究的方式表示抗议，结果被组织囚禁在瓦斯室。绝望的她服下了藏着的APTX4969想要自杀，没想到与新一一样没被毒死而身体缩小成儿童时期模样，得以挣脱了手铐从垃圾信道逃了出来。因为她之前已经从对新一家的调查中发现新一也变小了，所以新一成了她唯一的希望，最后疲惫的她倒在新一家门口，被隔壁的阿笠博士所救，并寄住博士家里，以一名转校生的身份成为了柯南的同班同学和少年侦探团成员。柯南与灰原也就从此卷入了对组织侦查与反侦察的大戏中。
170-171黑暗中的死角，新出智明的父亲被其继母杀害，小五郎在柯南的协助下破案，乍看与主线毫无关系，之后的剧情却表明这里是青山历时两年的一个大伏笔，也是真正的新出智明在三方对决前唯一的一次出场。为保护无辜的女佣，警方修改的了案件的纪录，隐瞒了真实的作案手法，这一点只有真正的新出知道，日后也被朱蒂用来指证贝尔摩得假扮的新出智明。这时候新出只是帝丹高中篮球队的临时教练而不是校医，真新出本来是要去青森的医院工作而不是当校医，校医应该是VERMOUTH假扮成新出后为了调查当上的。另外值得一提的是在这一集里，因为新出智明，柯南吃醋了。
176-178 与黑暗组织的再会，柯南和灰原意外发现了GIN停在路边的车子，于是柯南在车上装上了发信器与窃听器想获得组织的情报，虽然得知了黑衣组织成员之一PISCO将在杯户饭店暗杀吞口议员的计划，但是窃听器被Gin发现并毁掉，而且他也通过遗留在车里的茶色头发联想到了SHERRY，并肯定她会在酒店现场出现。柯南与灰原潜入宴会想阻止暗杀计划，不料非但没有来得及，而且灰原也不幸被PISCO识破身份并绑架囚禁在酒窖中。SHERRY得以趁机从烟囱逃生，并恢复成了灰原。PISCO这时也来到酒窖想杀死灰原，却被柯南揭破了身份，结果PISCO被GIN灭口，死前也没来得及说出灰原＝SHERRY的秘密。这一集我们的得到了很多信息，通过PISCO的话，我们的得知灰原研究的药不是单纯的毒药而且她是继承了父母的研究。VERMOUTH在事件后熄影并在日本隐居下来，不过从她的话中却看不出是接受了组织寻找灰原的任务，而是要“弄清楚一直担心的事188-193危命的复活，在这一系列中，VERMOUTH假扮的新出已经当上了帝丹高中和帝丹小学的校医。吃了灰原研制的解药后柯南短暂的变回了新一，并化妆成黑衣骑士与兰见面，却被化身为新出的VERMOUTH发现，而且被VERMOUTH偷偷拍下了照片，这一点可以从后来在朱蒂老师复制的照片那里得到佐证。VERMOUTH这时确认了新一没有死，但是由于当时灰原假扮的柯南也在场，因此还没猜到柯南=新一。有人说朱蒂这时也在场，照片有可能就是朱蒂拍的。朱蒂当时却是在场，从227格斗游戏的陷阱（后篇），她对兰夸奖舞会上的新一“SO COOL”来看，那天她一定见过新一。可是除了那时有心调查新一的VERMOUTH会特别拍下照片外，都不知道新一是何方神圣的朱蒂怎么会特别拍下这个素未谋面的小子的照片呢？因此，照片还是VERMOUTH拍的。
226-227格斗游戏的陷阱，朱蒂与柯南相识，并注意到他借助园子破案，因此她发现了柯南不简单，在临走时COPY了VERMOUTH在照片上对柯南的称呼――COOL GUY。事后朱蒂打电话给同伴时，给VERMOUTH取了“腐烂的苹果”的代号。但她表示她的监视对象“换了个身份，正在上学”在当时也给了我们她监视的就是柯南的误导。
230-231迷一样的乘客，刚开始时VERMOUTH与GIN的一段戏就表明了本集和主线有关，我们不但得到了VERMOUTH精于易容的信息，而且知道了她的目的是在日本寻找什么人，她的口头禅是A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕。后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。朱蒂和赤井都是在监视VERMOUTH，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是VERMOUTH都没有发现到哀。本集也是赤井秀一的第一次正式登场，不过他由于伪装感冒蒙着脸，灰原也因为柯南的保护没有露脸，所以两人都没有发现对方。当被制服的劫匪问朱蒂到底是谁时，她竟然也爆出了一句"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"! 难道朱蒂老师的真实身份便是VERMOUTH？这一集灰原的感觉使我们找出了三个嫌疑人，朱蒂，赤井和新出，另外值得一提的是新出（VERMOUTH）在车上有维护柯南的举动。少年侦探团在车上说，感谢新出医生前几天帮他们做内科检查，但是灰原缺席。这一集开始VERMOUTH发现了自己的诊所受到了FBI的监视，也知道自己化妆的假新出身份已被FBI所知。因此她开始采取一系列误导和利用FBI的措施，首先她故意偷走了与毛利相关的所有案卷，在《269-270犯罪的纪念品》可以知道。
258-259来自芝加哥的男人，FBI头头登场。柯南等人认识了来自芝加哥的老男人“詹姆士 布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，其实是将计就计，试试柯南的本事。柯南破解出熊猫车的暗号，救出了布莱克。布莱克最后竟然也称呼柯南为COOL GUY，说明了他和朱蒂是一伙的。赤井接布莱克走的时候说他被恋人甩了，所以剪短了头发。PS：这一集赤井的长发和点烟的样子甚至让人怀疑他和GIN是同一人！赤井驾车出现时被柯南和灰原瞥了一眼，灰原有奇怪的反应。柯南说布莱克先生不是坏人，只是对詹姆斯这个名字与莫利亚蒂教授相同有些在意，同时怀疑赤井。
266-268情人节的真相，京极真也带着黑色针织帽，被人看见，柯南以为是赤井，十分紧张。而小兰则说她可能认识这个带黑色针织帽的男人，引起了柯南的注意。
269-270犯罪的纪念品，破获录像带杀人事件的时候，从高木那里得知公车劫持案那天，毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，但给人以赤井监视柯南的的误导。还有柯南本来想问兰关于带黑色针织帽的男人的事，但是最终没有说出口。
271-272急忙掩饰的忽略，柯南又一次在朱蒂面前破案。从朱蒂提醒兰有无人跟踪看，案卷被窃引起了FBI的警觉，朱蒂怀疑黑衣组织将对毛利不利。朱蒂在谈话中用鸵鸟一词来形容柯南小孩却有大人的智慧，并且提到了bureaus（事务所）代指FBI。本集结束时朱蒂说到了收割苹果的时候了，暗示FBI要对VERMOUTH采取行动了。VERMOUTH发邮件给GIN，提到了“久藏”雪利酒，并且向打了叉的宫野志保的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片
277-278英语教师VS西部名侦探，博士得知毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，于是请来平次帮助柯南。两人分析偷盗案卷的人是想把某个人引出来的圈套，然后柯南又回顾了PISCO案件，怀疑克里斯是他的同伙，并进一步怀疑朱蒂=克里丝。虽然两人长相完全不同，但柯南知道克里斯精于化装。于是两人去朱蒂的公寓试探，并拜托博士在网上调查克里斯的资料。在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。这一集的重点就是最后在朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南，兰和舞会上的新一的照片，并且照片上的字迹和VERMOUTH的一模一样。按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出医院，发现相关的照片后复制的。不过当时这些照片的出现，显然给了我们朱蒂=贝尔摩的的很大的误导，还有她最喜欢喝雪莉酒的提示更是使之雪上加霜。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
279-280迷宫的阴暗，博士应柯南的要求去克里斯的网站上查过信息，发现她就是美国已故大明星莎隆宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，她才第一次面对媒体。面对记者的追问，克里斯曾神秘的回答道：A SECRET MAKES A WOMAN WOMAN。另外，日本的前超人气女明星也出现在了莎隆的葬礼中，从画面看正是有希子。
284-285中华街雨中的似曾相识，
286-288工藤新一NY事件，承接前面兰回忆起的“带黑色针织帽的男子”，通过兰在发烧病倒时的回忆倒述了去纽约经历的黄金苹果事件。还交代了新一和兰和莎龙的初次见面，以及他们对银发杀人魔的救命之恩。最后提到真杀人魔其实是别人灭口的，后来得知假杀人魔正是VERMOUTH所扮，这次计划本来是将秀一引出并杀死，但是没有成功。
309-311与黑暗组织接触，案子的开头柯南和兰遇到了赤井秀一，在谈话中赤井提到了一个表面坚强、暗地流泪的女孩。有人提到，对赤井说兰“经常”哭感到难以理解，其实这是因为赤井曾经监视过毛利侦探所，因此多次看见兰暗暗哭泣。另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇的事情，获知了赤井FBI的身份，赤井的嫌疑大大降低。通过阅读板仓的日记得知，黑衣组织委托其开发一种危害人类的软件，但他并未最终完成。柯南诱骗VODKA改时间交易，试图冒充板仓与VODKA接头，从而想得到他的指纹和行踪的情报，不料即将成功之际，却由于GIN的忽然出现而功亏一篑，柯南还险些被发现，最后躲在储物柜里才侥幸得脱。最后柯南和哀离开的时候，在附近的赤井和哀好像对彼此都有所感觉。
335-336东都显影所的秘密，有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看**。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。其实后来得知是赤井手下的人在监视柯南等人，结尾处赤井还拍下了少年侦探团的照片，还看着哀说太像了，说明了FBI已经中了VERMOUTH的圈套，帮助她找到了变小的SHERRY。但是当时却让人觉得赤井很可疑。
338-339 4辆保时捷，开头处柯南奇怪的骗博士说新出不在家，为什么不对博士老实说出对新出的怀疑？但后来不明情况的博士还是找来了新出给小哀看病，VERMOUTH假扮的新出就正式确认了哀就是SHERRY，并且在博士家装了窃听器，但是朱蒂同时也在场，所以那时我们将所有的怀疑都加到了朱蒂身上。结尾处VERMOUTH冷笑着用打火机烧掉了SHERRY的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”VERMOUTH要准备采取行动了，真是山雨欲来风满楼啊。
340-341厕所隐藏的秘密，柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。这一集透露了很多内容，开头处柯南说了句“如果我的推理正确的话，我们应该已经不在人世了”，证明他已经知道新出是克里斯假扮的，而且明白灰原和他的身份已经暴露，正是不知道她为什么还没有采取行动。灰原找到了明美藏起来的录音带，她的母亲的面目也浮出水面，“Hell Angle”由此而来。在她母亲留给她的18岁生日末尾的话语中应该提到了某件惊人的事情，但是青山并没有说明。结尾处，VERMOUTH边从飞机场出来边用手机通着电话，从谈话中我们得知，她找来了一个叫Calvados（苹果酒）的组织成员，似乎是为她下一步要采取的行动做的一个重要部署。另外值得一提的是，在灰原的梦中，青山已经给出了VERMOUTH究竟装扮成了何人的暗示，眼睛没问题的话，一定就可以发现了。
343-344便利店的阴谋，柯南发现工藤宅子有人来过的痕迹，而且不是小兰。朱蒂老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。（在告别派对上，小兰无意间在朱蒂的卫生间的镜子后面发现了朱蒂藏着的自己与柯南，灰原等人的照片，不禁疑云顿生。这也促使她下一集中偷偷躲在朱蒂后车厢里想调查她究竟想做什么。
345与黑衣组织直面对决满月之夜的二元推理,柯南收到了VERMOUTH寄来的邀请新一去参加化妆舞会的信件，称呼竟然是江户川柯南！柯南知道自己的身份已经暴露并且决定开始行动，他一方面邀请服部假扮新一去参加化妆舞会，另一方面用麻醉针麻醉灰原后假扮成她的样子准备独闯组织。来接他的不是VERMOUTH假扮的新出，而是朱蒂！原来FBI也有自己的计划，他们准备先VERMOUTH一步接走灰原，引诱VERMOUTH跟踪至码头，然后实施抓捕朱蒂在车上表明了FBI的身份后，柯南告诉了她新出一案（170-171黑暗中的死角）的真相，要求她利用此来揭穿VERMOUTH，以取得自己的信任。朱蒂揭穿了VERMOUTH同时是克里斯宾雅德和莎龙宾雅德，但在她招呼同伴要抓捕VERMOUTH时，不料却被埋伏的Calvados击伤。原来VERMOUTH棋高一着，她早就知道了FBI的抓捕计划，提前化妆成朱蒂来到码头，命令埋伏的FBI探员撤退了。而且VERMOUTH对FBI监视新出诊所也早已知晓，偷走案卷是为了引诱FBI暴露身份，贴出宫野志保的照片是利用FBI寻找目标。正当朱蒂形势危及时，另一边化妆的服部解决了舞会上的案子扯下了伪装，柯南也撕下面具用麻醉针控制住了VERMOUTH，柯南的筹划终于笑到了最后。但是这时风云突变，担心柯南安危的灰原利用备用的追踪眼镜忽然找来，反而破坏了柯南的大好计划，VERMOUTH趁机用麻醉针射中了柯南，并把手枪对准了灰原！就在这形势失控的时候，小兰忽然从朱蒂车子的后备箱跳出保护了灰原，赤井也及时出现迫使VERMOUTH不得不以柯南为人质逃离了码头。正当VERMOUTH向BOSS发邮件报告时，忽然发现柯南身上有发信器，原来柯南留了一手，他早料到VERMOUTH找到灰原后一定会向BOSS报告。VERMOUTH不得不承认放弃SHERRY，为了避免BOSS的邮件地址和身份泄露，VERMOUTH不得不使用了催眠瓦斯，并且朝自己开了一枪以保持清醒，毁掉发信器后狼狈逃离了现场。
425 Black impact！被组织的魔掌触碰的瞬间，通过忘记取回的窃听器，柯南却发现了惊天的大秘密！原来电视台主持人水无怜奈也是黑衣组织的成员，柯南窃听到了她和GIN等人的暗杀计划，并成功阻止。不料琴酒发现水无鞋底的窃听器，小五郎反而受到他们怀疑，危在旦夕。好在秀一及时出现，击伤了GIN，将装窃听器的勾当揽到了FBI身上。VERMOUTH也又再次保护了毛利等人。代号KIR的水无怜奈在行动中受伤昏迷，被FBI送入杯户中央医院控制了起来。另外这一集中柯南得知了布莱克也是FBI的人。
429-430无法回到从前的两个人，小兰的倒霉同学本堂英佑出场，眼睛长的和水无很像，好像注意到了柯南通过毛利破案，这让柯南感觉很不安，对本堂的身份产生了怀疑。
462黑衣组织的影子 年幼的目击者，一个孩子目击某歌星被人从桥上扔下，本堂用和水无一样的摸脉搏测谎术，引起了柯南的怀疑。
463黑衣组织的影子 奇怪的照明，本堂数次想让毛利等人想起水无的事情来获取信息，但是都被柯南看出并把话题岔开。
464 黑衣组织的影子 谜样的高额报酬，本堂故意引诱毛利注意到一个小孩家发生的奇怪事件，这个小孩正是目击水无怜奈受伤的小孩，他说他的母亲生前曾经和奇怪的外国女人对话，打听水无怜奈的去向。
465黑衣组织的影子 珍珠流星，在那个小孩就要说出摔下摩托车的就是主持人水无怜奈时，柯南及时用假面超人将话题岔了开去。柯南通过外国女人对孩子的回答"A SECRER MAKES A WOMAN WOMAN"推测出这个女人就是VERMOUTH。另外本集GIN所说的水无取得BOSS信任的事件也表明她与一个叫本堂的卧底的死有很大关系。
484-485黑色照片的去向，服部调查水无未果，但意外发现本堂及其父亲在大阪生活的情况，因为瑛佑小时候曾经和父亲一起去大阪的烧烤屋吃烧烤，其父和店长很谈得来。然而店长已经去世，所以柯南、阿笠博士和灰原决定造访住在东京的店长的孙子家，想从他那里得到些本堂及其父亲的情报。不料在这个模型爱好者西郡家里遭遇了盗窃案件，成功解决后柯南他们终于看到了瑛佑无意间照的照片，照片上看到了瑛佑的父亲，并了解到瑛佑的父亲常和黑西装的外国人打交道，并在Company（＝CIA）工作，曾打入过黑衣组织。
剧场版12的特典《迷之墙和黑色拉布犬事件》
三年前的一天，还是初中生的新一在公园遇到一位找目击证人的男子，经过寻问得知，该男子卷入一起事件，事件当时男
子在公园睡觉，而当时发现有人带一只黑色拉布犬经过，找到此人就能证明他的清白。新一一连几天翘课和他一起寻找，百思不得其解时，在父亲工藤优作的提示下，新一找到了答案。其实黑色拉布犬的真面目是——吉他的盒子！？
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