分集剧情
第一集
道明寺司离开日本留学美国，在开头的三个月里，他和杉菜还像平时一样甜蜜的通话聊天，但是突然某一天，阿司断了消息，就好像在地球上消失了一样，这让杉菜非常担心。杉菜在英德又收到红纸条，怀疑是道明寺的主意，但是当杉菜遭受同学侮辱的时候，学弟顺平总会出现营救她，杉菜非常感激他，但是当顺平提出交往的要求时却被杉菜拒绝了。杉菜试图忘掉阿司，但是却总是事与愿违，终于父亲中了一张往返纽约的机票，杉菜这才决定飞往美国看阿司。
语言不通的杉菜在纽约大街上被人抢劫，危急时刻花泽类出现，并告诉杉菜美作和西门也将赶来看道明寺。杉菜在街上看见阿司，但是阿司却表现的非常冷淡，这让杉菜非常伤心，最终决定回国。类和西门、美作责备阿司不该这样伤害杉菜，但是阿司却明确的表示以后将再也不会跟杉菜有任何关系。
回到日本的杉菜专心复习法学部的考试，但总是会受到学校同学的骚扰。一天，杉菜被绑架，更令她吃惊的是主谋居然是曾经爱慕过她的顺平。杉菜这才知道顺平是想利用她来诱使道明寺司回国。杉菜在道明寺椿的帮助下逃离了顺平一伙，杉菜对着椿说出了自己的真心话，椿表示会支持杉菜作出的任何决定。
杉菜收到道明寺枫的宴会请柬，在考虑再三之后决定出席。
第二集
道明寺枫在儿子阿司的生日宴会上宣布了儿子的订婚对象是大河石油集团的千金大河原滋，并故意叫杉菜上台弹奏钢琴让其在众人面前出丑以打消她对道明寺的感情。道明寺对心里对母亲的阴谋非常生气，但是表面还对杉菜发脾气，一时冲动抓起杉菜离开酒店，但是却在混乱中抓错了人，阿司抓着小滋的手一直走了很远，直到小滋发话阿司才发现自己一路教训并不是杉菜。小滋在与阿司的争执当中发现阿司的可爱之处，并发现自己开始喜欢上了阿司。
第二天，小滋来到英德学园找阿司，恰巧碰到杉菜，小滋主动跟杉菜聊天并试图与她成为知心朋友。小滋希望杉菜能够告诉自己所有有关阿司的信息，面对如此热情和真诚的小滋，杉菜有些无奈和尴尬。
阿司回到家中，责备母亲故意安排了一场订婚闹剧，但是道明寺枫却狠严肃的告诉他只有跟小滋结婚才能拯救道明寺集团，阿司陷入混乱之中。看着小滋来势凶猛的求爱攻势，西门和美作劝杉菜不能放弃。杉菜在经过激烈心理斗争后决定再次约阿司出来坦白自己的心意，第二天，杉菜准时来到约会地点，看到阿司正等在那里。但是，当杉菜正想奔向阿司的时候，却看见小滋出现并吻了阿司……
第三集
杉菜看见此等情景只能伤心离开，阿司甩开小滋，并责备小滋的冲动举动并留在广场上继续等杉菜，小滋躲在一旁观察。类听说阿司同时约了杉菜和小滋后明白杉菜肯定会受伤，于是去陪杉菜散心，类对杉菜的关心让杉菜很温暖。阿司一直等到晚上都没看见杉菜的出现，只能失望离开。
第二天在英德，阿司责备杉菜爽约，杉菜愤怒离开，阿司告诉同伴自己其实是想让小滋明白没人能和杉菜相提并论才同时约她出来的。但是，当再次见面的时候，杉菜却并不想给阿司解释的机会，坚决提出分手。而攸纪对西门的爱意越来越浓，攸纪甚至为了更了解西门而参加了茶道培训班，两人的关系也越来越微妙。
道明寺集团的危机越来越严重，阿司在再三权衡之后决定与小滋交往。小滋知道后欣喜若狂，去找杉菜诉说。杉菜默认，只能全力准备升学考试和赚钱。
道明寺家族和大河家族正式见面商量两人结婚的事情，而这个时候，阿司收到了杉菜在工地昏倒被送往医院的消息。
第四集
阿司离开宴会现场直奔医院，但是当他跑到杉菜病房门口的时候却发现类已经为她安排好了一切，徘徊了许久的他最终独自回家。类整夜陪在杉菜的身边，紧紧握着她的手，杉菜醒来，类的温和让她受伤的心感到了些许平静。大河氏的家长对于道明寺司的举动非常生气，认为没必要继续履行婚约，但是小滋却原谅了阿司，并继续为他付出。
大家都看出类对杉菜感情的微妙变化，杉菜也有点措手不及。杉菜出院回家，却发现家里被洗劫一空，原来是杉菜的父亲再次被裁员，为了生计只能去海边当渔夫。杉菜在攸纪的茶道老师的帮助下搬进了破旧的免费公寓和弟弟开始艰苦的生活。得知杉菜搬家的消息后，阿司非常担心，却又因为家族企业的危机让他不得不隐瞒自己对杉菜的感情和关心。藤唐静回国，类与她共进晚餐，静表示支持类的选择，希望能让杉菜获得幸福。
而有一天终于忍受不住思念的阿司一人来到杉菜家。当两人争吵时，小滋敲门进入，发现杉菜和阿司的暧昧举动，而这个时候类也拨通了杉菜的手机……
第五集
得知阿司居然购买了自己和弟弟小进租的破烂公寓，杉菜感到大吃一惊。
另一方面，由于亲眼看到阿司在房间里扑倒了杉菜，迟钝的小滋终于发现原来阿司喜欢的是杉菜，于是跑去找美作帮忙。
次日阿司兴高采烈地到学校食堂来见F3，花泽类因头天从电话中听到阿司和杉菜在一起，看到来到的阿司竟然大动肝火，并主动和他打了起来，更忍不住对阿司怒吼，同时也再次确认到自己对杉菜的心意。 小进在考高中的考试会场，对借橡皮给自己的美雪一见钟情，从来没有谈过恋爱的小进一时不知道该如何是好，更不小心把此事告诉了阿司，没想到阿司居然想出一套大作战计划，还请来久经情场的情圣美作和西门帮忙，每天训练小进写情书，经过一个星期的魔鬼式特训，途中还必须一直隐瞒着杉菜，小进终于写出了情词并茂的情书，并在阿司的鼓励和训练下，于高中合格发表日当天，颤抖着交给了对方。
虽然遭到了美雪的拒绝，但小进却学到了宝贵的东西。而小滋也在美作的鼓励下，决定一定要把阿司抢回自己身边。
第六集
杉菜终于从枫的秘书西田那里，得知阿司这一年来为什么会变得这么多，原来在纽约时阿司曾作为公司未来继承人，对公司执行过行政决策，结果因为阿司一句无心的话，害得临近退休的员工内田建家破人亡，最后内田建本人更跳楼自杀。此后阿司后悔万分的同时，也终于意识到自己作为道明寺家唯一继承人肩负的重大责任，所以才会下定决心听从母亲的安排接收小滋，并下定决心离开杉菜。
但回到日本后阿司发现自己根本忘不掉杉菜，心里除了对方谁也容纳不下，于是干脆决定回到杉菜身边。而西田也认为有杉菜在身边的阿司，才能成为一个真正有人性的***，所以才会背着枫偷偷帮助两人。
得知真相让杉菜很不好过，虽然喜欢的的确是阿司，但他同样不想伤害一直对自己照顾有加、温柔的花泽类，其实更让杉菜在意的是一直把自己当做好朋友的小滋。
感到无所适从的杉菜于是向阿司的姐姐阿椿求救，结果对方居然安排她住进了道明寺家。
到了情人节这天，阿司满心期待地等待着杉菜的巧克力，可惜杉菜居然把当年阿司送的土星项链退还给阿司，愤怒的阿司伤心地怒吼着，更把项链扔进了河里，至此杉菜才明白到自以为是的温柔严重伤害了阿司，并立刻跳进小河里打算找回项链。
第七集
杉菜接受椿姐姐的安排住进了道明寺家，据称是道明寺家最资深年长的老管家玉婆婆出现了，并要求杉菜接受她的地狱式特训。玉婆婆同时安排杉菜作阿司的专属女佣，虽然杉菜大大方方地一口就答应了，阿司却兴奋得胡思乱想。另一方面，知道杉菜根本不可能喜欢自己的花泽类，也终于对杉菜断念。
由于和阿司无法取得联络，美作和西门一起到道明寺家来找人。 故事转到西门的初恋上，原来帮杉菜找到住的地方，茶道教室温柔的女老师小更，和西门是彼此的初恋情人，但当初两人一点小误会分开了。原本两人相约见面，却因为悠纪的缘故没能重逢，终于得知两人关系的悠纪，为此愧疚不已并决定一定要为他们解开误会。
另一边厢的西门，则跑回当年的地方去寻找小更，希望让她明白自己的一片痴情，而本来相爱的一对情人，却因为一些小误会分离，这让西门悔不当初，所以才会更加坚定支持阿司和杉菜在一起。
除了西门，美作和悠纪都希望杉菜能诚实地面对自己对阿司的心意，这样才能一生无悔。
第八集
眼看阿司的心离自己越来越远，痛苦的小滋忍不住使出手段想强迫阿司和自己在一起，居然跑到阿司的房间脱光了衣服面对他，在隔壁房间听到很大响动的杉菜，飞快奔来想察看出了什么事，却看到赤裸着上半身的小滋扑在阿司怀里，心慌意乱的杉菜当即红着脸关上了门。
推开小滋的阿司再一次明白自己心中只剩下杉菜，并决定即使为此背负了毁掉道明寺财阀的恶名也在所不惜。对自己始终不太有信心的阿司更跑去找花泽类，对他下跪乞求对方不要再缠着杉菜，眼看一向心高气傲的阿司居然肯下跪，大吃一惊的花泽类终于放弃了杉菜，两人也言归于好。
花泽类放弃了，小滋也大彻大悟了，主动提出解除婚约，更下定决心回纽约，她希望即使做不成夫妻也能留给阿司最美好的印象。
杉菜得知小滋要返回纽约于是一路狂奔追到机场，恰巧花泽类出现在她眼前，杉菜告诉花泽类自己始终相信着阿司，谁知花泽类却不耐烦地说：“对牧野的事情没兴趣”，两人的暧昧关系终于彻底终结。
正当阿司和杉菜为完美地解决了四角关系感到开心，手牵手打算离开机场的时候，碰巧回国的枫出现在他们面前。
第九集
目送准备去纽约的滋的衫菜与寺被枫目击，枫认为滋是因为衫菜而退了婚。
因此，寺终于与枫直接对决。枫将寺的信用卡冻结等利用许多方法，拆散他们。反而，衫菜却向寺提议庶民式的拍拖。两人逛逛宠物店，公园等，却不知枫的魔手正向他们靠近。另一方面，寺听到枫解雇了西田的消息后，第一次听到了西田的心声。
衫菜走出寺家，住在了优纪的家，受到花泽类等人的鼓励，恢复了心情。与大河原财团合并失败后的道明寺财团陷入危机，影响到了优纪父亲的公司。
火冒三丈的枫最后下了决定，终于寺与枫的对决也有了结果。在这种苦境，寺怎样逃脱？！还有，衫菜下了什么决定……!
第十集
寺听了在自己眼前死去的健身上发生的事后受打击。
另一方与寺刚分手的衫菜来到渔村寻找父母。却听到他们现在连交租都困难决定在渔村干活。
这时衫菜遇见在悬崖断壁自杀的绅士。下了一个决定的寺来渔村时却被一场事故卷入其中。
为看望总算讨回一条命的寺的衫菜类等人，却发现寺失去记忆对衫菜完全忘记。 衫菜与在医院遇见的海成为好朋友。开朗又在患者间关系极好的海渐渐接近寺。。。
最终回
开头,杉菜去道明寺病房找他,但他却已经回家了
到他家居然是umi开门的
umi俨然以女主人自居,还去倒茶,还叫杉菜以后不要来了
后来跟umi跟道明寺聊到饼干的事情,被杉菜发现umi冒充她的饼干
于是杉菜哭了,把土星项练丢到道明寺身上跑走了
美作包了整间滑雪中心让f4跟yuki去玩
道明寺把umi也一起带来了
美作跟西门还很好笑地又在计画要去勾引umi
但花泽类却不担心,认为杉菜跟道明寺两个的 '绊' 很强,一定没问题的
umi带了自己烤的饼干给道明寺吃
道明寺吃了之后就发现,这跟他记忆中的饼干不一样
于是umi的谎言完全被戳破了,哭着跑掉了
要吃饭的时候,大家找不到yuki
杉菜问umi有没有看到yuki的时候
umi跟她讲yuki跑出去拿东西,当时雪下得很大,可以称为暴风雪
但杉菜还是跑到暴风雪里面去找yuki
后来yuki出现,根本只是泡汤泡得太舒服而已XD
大家开始找杉菜
此时花泽类很帅地一把就抓住umi问,你是不是知道些什么
umi承认了之后
从不知道哪个角落冲出来的道明寺用慢动作飞跃两个栏杆冲了出去
大概一秒之就着装完毕骑上雪上摩托车去找杉菜
杉菜在雪中果然不出所料地不支倒地了
倒在地上还在回想,不想死啊还有很多梦想想实现的
想要当律师(穿套装戴黑框眼镜还满萌的XD)
还想要买大房子给全家人住(在想象画面中第一次看到杉菜家的人穿正式衣服XD)
最后想象到结婚的时候,道明寺会站在红毯另一端对她
不要睡啊!!
果然是真正的道明寺找到她了,把她背到山间小屋
后来道明寺反而发烧了,于是又变成杉菜在照顾他
道明寺想起第一次约会那天也是淋雨发烧,被杉菜照顾,
一模一样的动作,一模一样的对白,于是就想起来了 (这边很感人)
跟杉菜拥抱着睡着了,就跟那天在电梯里一样
隔天早上被救难队破门而入的时候还可以斗嘴,很元气的样子嘛~
回东京之后,杉菜上了报纸,被写成道明寺的秘密情人之类
也有之前杉菜遇到的老先生的新闻,好像是一个IT公司的大老板
本来道明寺妈还是反对他们,但那个IT公司的老板看到报纸之后
跟道明寺妈接触,赞成他们结婚,于是道明寺妈这势利鬼就动摇了
最后是英德的毕业典礼
F4全员 椿姐姐 静学姊 小滋 樱子(真是个久违的角色) 全部都来了
但杉菜不愧是杉菜,在路上一定会发生很多事情,所以就迟到了
后来冲进武道馆的时候,整个暗的,以为结束了
此时道明寺出现对她大吼 "好慢!!"
然后很高高在上地,对杉菜求婚了
杉菜走过去把手搭上道明寺的手之后
道明寺突然把杉菜抱起来,灯全亮
于是大家都知道当初3/9那一万人临时演员去哪了
都在这,塞满整个武道馆,鼓掌着,还跳波浪舞咧
所有的主要角色都出来了,恭贺着,跳舞着
道明寺妈在门外跟西山( 那司机)讲
"我就不进去了,你想进去的话就进去吧" XD 司机就进去了
最后,是再一次介绍F4成员
最后杉菜跟司又约在惠比寿花园广场
杉菜又迟到,又被道明寺凶
道明寺转身要走的时候被杉菜抓住围巾拉回来
就kiss了
坦白说，从了找的 ~
第1集 云霄飞车杀人事件
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
（工藤新一的初登场！）
第48集 外交官杀人事件(前篇)
突然有个关西名叫服部平次的人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。外交官官邸发生离奇的密室杀人事件。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理，逼出凶手。此时柯南因为感冒病重倒下了
第49集 外交官杀人事件(后篇)
正当凶手自己承认时，有个声音说“凶手不是他!”——而说话的竟然是消失多时的工藤新一!他指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手!可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……
（柯南喝了白酒第一次变回了工藤新一）
第162集 空中的密室（1小时特别篇）
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。那么这就是最初的一页……
（工藤新一的初次案件推理！）
危命的复活系列
第188集 生死一瞬间-侦探队洞窟探险记
和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子。柯南被犯人的枪射中了。
第189集 生死一瞬间-负伤的名侦探
把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一。
第190集 名侦探遇害记-第三个选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
第191集 名侦探遇害记-黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
（柯南吃了灰原制作的药变回新一）
第192集 生死一瞬间-新一回来了
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
第193集 生死一瞬间-约会的地点
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
第219集 名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
第286集 工藤新一New York 事件(事件篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集 工藤新一New York 事件(推理篇)
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集 工藤新一New York 事件(解决篇)
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
（小兰回忆三年前和新一去纽约度假）
第345集 与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
（“新一”出现，但不过是服部平次假扮的）
521 杀人犯、工藤新一
收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了…。
522 新一的真相隐藏于小兰的眼泪之中
为了找寻丧失记忆的新一而走入森林的小兰，在撞见死罗神后滑落悬崖昏迷过去。此后，平次等人在山中小屋发现了不知去向的小兰。平次发现了化妆用的白色假发，认定这个小屋的主人就是死罗神。随后在小屋内发现了被粉碎地劈开的新一的照片和零乱的镜子碎片的平次，参透了事件的真相，让城山召集大家到泷德家。然后，平次开始在大家聚集的泷德家进行解谜。原先认定新一不可能刺杀他人的平次，却清楚的断定新一正是那刺入他人要害的真凶…
523 真正想问的事
在高速公路上驾车行驶的古城郡平被人勒死了。但是车子依旧在古城的驾驶下行驶着。嫌疑犯是沟端理子，忠田笃男，下鸟太志3人。理子是古城的女友，忠田是与古城率领的暴走族队伍对抗的另外一只队伍的领队。下鸟则是不久前因交通事故而死的古城队伍的队员彰的父亲。就在新一和平次共同识破犯人诡计的时候，却感到要变回柯南的前兆袭来…。
（柯南误吃了阿笠博士给的灰原制的药，惊险之际变回新一，千钧一发时，差点被识破，好在灰原和博士赶来解了燃眉之急）
柯南剧场版
第3部 世纪末的魔术师 星之光芒
罗马王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。
看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏于防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。 柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美**，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商干被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，KID假扮的新一出现了，帮柯南解了围……
（新一被怪盗基德识破了身份哦！）
第7部 迷宫的十字路
在东京有个“西国立市”神社，那里有三名可疑男子在密谈。突然有个戴着老翁面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此事件同时，大阪，京都也相继发生了杀人事件。
根据搜查的结果，警视厅发布，被杀的5人都是往返东京大阪京都三大城市盗窃著名佛像和美术品的盗窃集团成员。他们似乎是以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。是对盗窃集团怀恨之人所为吗？还是内部分裂而杀人呢？警视厅对犯罪动机也没有掌握有力的线索…… 一方面，小五郎带着柯南，兰，园子到访京都。在由绪的寺院——山王寺的住持告诉他们，8年前国宝级的佛像被盗走了，委托他们解读可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像。
柯南从佛像被盗的事情怀疑是盗窃集团所为，事件开始向破解的方向进展。但很快，在他到达义经弁庆的传说流传的make by whyarmy历史遗迹——最著名的京都五条大桥开始追寻时，有个手持竹刀的男人突然来袭！ 在京都的五条大桥上，高个男子弁庆挥起长刺刀，牛若丸刀直劈而下！在栏杆上瞬间闪过的柯南惊奇的看到那个男子！那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探-服部平次。平次是知道柯南的真实身份就是工藤新一的少数几人之一。他也是为了追寻在大阪发生的盗窃集团成员被杀事件的真相到了京都。总是在较劲的柯南与平次这次为了查出事件的真相而戮力合作。
但是，两人身边有个戴着老翁面具的黑影男人！ 在绵密交织的京都十字路口上，隐藏于历史暗影中的谜团与陷阱向柯南等人袭来！棘手案件与敏锐推理，友情与恋爱……
（柯南问灰原要了药，变回新一，代替服部去见盗窃集团成员）
柯南OVA 1 柯南VS基德VS Yaiba宝刀争夺大作战
有一天，柯南从学校放学回家，到家时小五郎正接见一位少女，令人惊讶的是，少女家中有一把名贵的宝刀，但是却被KID盯上发出了**的预告信。少女的名字叫做峰清，而且，与小清同居的少年，就是铁剑！要**宝刀的KID，为宝刀死守的铁剑，还有峰清所委托而来的柯南，宝刀到底会鹿死谁手？由此展开一场宝刀争夺大战。。。。结果却是梦一场
（爆笑的一集，柯南梦中的“奇遇”，变回新一）
柯南OVA 9 十年后的陌生人
柯南发了高烧，刚好灰原哀发明了新的APTX4869的解药，柯南服下后，便晕过去，梦见了十年后自己的生活：兰和原子早已是成年人，自己则和昔日的少年侦探团的成员步入高中，还创办了侦探俱乐部。而柯南却不记得这十年间发生了什么事，问哀，她告诉柯南由于近5年来柯南不断服用APTX4869的解药，导致体内产生抗体，所以就再也没有没有变回过工藤新一，而失忆恐怕是午休时造成的……当得知新出医生向兰求婚后，柯南便到处去找兰（因为兰去了以前和新一去过的地方重温曾经那段快乐时光了），在晚上时，柯南找到了兰，而兰坚强地说：“反正已经等了10年了，再等10也无所谓……”虽然得知兰不会答应新出的求婚，但柯南还是要说出自己的真实身份。诧异的是，兰已经不再相信柯南就是工藤新一了……大概就在这里，柯南从梦中醒来，一切又回到了现实……
基德装新一
曾今在剧场版的第三部世纪末的魔术师的最后装过，为了帮柯南让小兰不再怀疑他是新一。
还有第八部银翼的魔术师的一开始也装过，为了探一下情况
柯南变回新一
第1集 云霄飞车杀人事件
会现场发生山崎总经理被害事件。解决这个事件的是以福尔摩斯式的推理能力而声名大噪的高中生侦探——工藤新一。在和青梅竹马的毛利兰一起去游乐园玩、乘坐云霄飞车时一名男子惨遭杀害……
（工藤新一的初登场！）
第48集 外交官杀人事件(前篇)
突然有个关西名叫服部平次的人来到小五郎的事务所。这时正好有委托人上门。外交官官邸发生离奇的密室杀人事件。服部平次收集了密室杀人的证据并据此推理，逼出凶手。此时柯南因为感冒病重倒下了
第49集 外交官杀人事件(后篇)
正当凶手自己承认时，有个声音说“凶手不是他!”——而说话的竟然是消失多时的工藤新一!他指出了服部的推理错误，揭示了真正的凶手!可是，在这之后，工藤新一又一次消失了……
（柯南喝了白酒第一次变回了工藤新一）
第162集 空中的密室（1小时特别篇）
阿笠博士抽奖抽中了旅行券，小五郎、小兰和侦探团去了冲绳，在飞机上小兰梦见了以前和新一去洛杉矶的飞机上发生的杀人事件。那么这就是最初的一页……
（工藤新一的初次案件推理！）
危命的复活系列
第188集 生死一瞬间-侦探队洞窟探险记
和阿笠博士去露营的少年侦探团们。柯南他们去拾柴，发现了一个山洞，进去一看碰到了正在搬运尸体的可疑男子。柯南被犯人的枪射中了。
第189集 生死一瞬间-负伤的名侦探
把重伤的柯南背在背上的侦探团们根据洞里的暗号开始寻找出口。好容易找了出口后，犯人追了出来被正好赶来的目暮警官们带走了。柯南被迅速送到了医院。小兰确信了柯南就是新一。
第190集 名侦探遇害记-第三个选择
柯南正在为是否告诉小兰自己的真相而烦恼时，当天夜晚，灰原出现在了柯南的病房并把枪口对准了柯南！同时小兰的学校正在准备文化节，柯南也去看了小兰主演的话剧。但是观众中的一个男子突然倒下死了。
第191集 名侦探遇害记-黑衣骑士
在小兰主演的话剧的表演中，发生了杀人事件。目暮警官认为被杀害的蒲田的饮料中被他的同伴们下了毒，但是从现实情况来说准备断定是自杀。此时出现了意外的人物！
（柯南吃了灰原制作的药变回新一）
第192集 生死一瞬间-新一回来了
变回原来的身体的新一回到原来的生活的时候，在米花中心大厦的了望餐厅邀请兰吃晚餐。晚餐时听说在餐厅的电梯里发生了杀人事件的新一对兰说“马上回来”，奔向了案发现场。
第193集 生死一瞬间-约会的地点
新一明白了在米花中心大厦的电梯里杀害社长的犯人，但是身体开始发生变化，另一方面小兰在了望餐厅一个人等着新一的回来。
第219集 名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德
打算拿取铃木财阀的黑珍珠BLACK STAR的怪盗基德，想起了以前关于钟台的一个事件。另一方面，小五郎的事务所里受到不明发信人的信函，而且里面装着支票。小五郎带着小兰、柯南一起到了“黄昏之馆”。“黄昏之馆”是大富翁乌丸莲耶的别墅，一同被招待的还有其他名侦探。而后开始了在馆中寻找财宝的游戏。但侦探在一个一个消失。最后留下来的侦探是？召集侦探们的犯人的真实身份是？
第286集 工藤新一New York 事件(事件篇)
柯南解决了横滨中华街的事件，但小兰发起高烧病倒了。在意识恍惚中，小兰的脑海中浮现了带着黑帽子的男子赤井、新一、及美国女演员莎洛比亚德的形象。
第287集 工藤新一New York 事件(推理篇)
小兰想起了以前是在纽约，自己和新一遇见莎洛比亚德并遭遇到事件的时候见过赤井。那是2人前去见住在美国的新一父母时候的事情。
第288集 工藤新一New York 事件(解决篇)
新一的妈妈有希子开着“美洲豹”疾驰在纽约的街头。她拿到了在百老汇好评如潮的音乐剧《金苹果》的入场券，正赶往剧场前去观看。
（小兰回忆三年前和新一去纽约度假）
第345集 与黑暗组织直面对决—满月之夜的二元推理
毛利侦探事物所突然收到一封假面宴会的邀请函。工藤新一也收到了同样内容的挑战书。而且里面还有一封“给江户川柯南”的信。毛利小五郎接受了挑战和园子一起来到了设在幽灵船上的宴会场。那里出现一名自称工藤新一且化装成透明人的男子。在船上宴会主办者“幽灵船长”被杀了。同时灰原也面临着前所未有的危机…
（“新一”出现，但不过是服部平次假扮的）
521 杀人犯、工藤新一
收到自称屋田诚人寄来的关于1年前工藤新一所破解的杀人事件的推理存在疑点的信的平次，约上小五郎、柯南、小兰、和叶前往东奥穗村。平次等人在拜访村公所的时候，柯南则独自一人进入了森林。原来随信还有附寄给新一的一封信，约在山中小屋见面。此时，柯南突然感到莫名的痛苦。原来柯南在感冒后，从阿笠博士那里得到的药，居然是小哀研究出的APTX4869的解毒剤的试制品。小兰等人为寻找柯南，进入森林，却意外与新一相见。但是，新一因丧失记忆，甚至连小兰都忘记是谁了…。
522 新一的真相隐藏于小兰的眼泪之中
为了找寻丧失记忆的新一而走入森林的小兰，在撞见死罗神后滑落悬崖昏迷过去。此后，平次等人在山中小屋发现了不知去向的小兰。平次发现了化妆用的白色假发，认定这个小屋的主人就是死罗神。随后在小屋内发现了被粉碎地劈开的新一的照片和零乱的镜子碎片的平次，参透了事件的真相，让城山召集大家到泷德家。然后，平次开始在大家聚集的泷德家进行解谜。原先认定新一不可能刺杀他人的平次，却清楚的断定新一正是那刺入他人要害的真凶…
523 真正想问的事
在高速公路上驾车行驶的古城郡平被人勒死了。但是车子依旧在古城的驾驶下行驶着。嫌疑犯是沟端理子，忠田笃男，下鸟太志3人。理子是古城的女友，忠田是与古城率领的暴走族队伍对抗的另外一只队伍的领队。下鸟则是不久前因交通事故而死的古城队伍的队员彰的父亲。就在新一和平次共同识破犯人诡计的时候，却感到要变回柯南的前兆袭来…。
（柯南误吃了阿笠博士给的灰原制的药，惊险之际变回新一，千钧一发时，差点被识破，好在灰原和博士赶来解了燃眉之急）
柯南剧场版
第3部 世纪末的魔术师 星之光芒
罗马王朝的皇室秘宝－回忆彩蛋，将在大阪铃木财团美术馆内展出的同时，怪盗KID寄出「犯案预告信」准备夺取这无价的皇家艺术之宝，于是铃木会长要求小五郎协助警方侦查，以防彩蛋被窃取。柯南一行人来到大阪，遇到服部平次，便一同侦查此案。在美术馆遇到了苏联大使馆的书记、珠宝美术商、罗马王朝研究家、职业摄影师等人。
看完彩蛋，大家便解读预告信线索，不料将时间、地点都解读错误。而KID窃听到彩蛋被转移了。在疏于防备的情况下，KID 成功地找到了回忆彩蛋。虽然柯南已经发现了KID的行动，看还是晚了一步。KID在逃离途中，却被神秘的杀手狙击，坠海失踪，生死不明。 柯南以新型滑板追踪，夺回彩蛋。与此同时从国外回来的香阪夏美**，从祖母的遗物中发现彩蛋的原稿图与实物不同。
柯南看了原稿后，认为彩蛋有两颗，而在彩蛋的玻璃上映照出夏美曾祖父所盖的城堡，所以大伙儿及对彩蛋虎视眈眈的研究者决议要去此城探索 ，找寻第二颗彩蛋。在返回东京的船上，摄影师寒川被杀，而且和KID相同是被击中右眼。木暮带着白鸟赶到，调查后柯南发现凶手可能是职业杀手史考兵。而白鸟却几次揭穿柯南的提示，使小兰对柯南的身份起了怀疑。
到达东京后，大家前往城堡，阿笠博士为了送做给柯南强化的眼镜，与灰原哀 也一同出发至城堡，不料少年侦探团也藏身在车上跟踪而行。在城堡中，柯南意外发现通往地下室的通道，在秘道中珠宝商干被杀。而其他人在一个棺木中发现了第二个蛋，并明白了回忆之卵的真正含义。
但专门狙击人右眼的神秘杀手「史考兵」也在人群之中…… 他再次行动，目标是小五郎和小兰，刺杀失败后凶手抢走了彩蛋，并想烧毁城堡。柯南追赶凶手，在熊熊大火中，凶手露出了她的真面目……柯南在白鸟的帮助下逃出了火海。回家后小兰对柯南(新一)的真实身份再次起了疑问，正当柯南要说出真相时，KID假扮的新一出现了，帮柯南解了围……
（新一被怪盗基德识破了身份哦！）
第7部 迷宫的十字路
在东京有个“西国立市”神社，那里有三名可疑男子在密谈。突然有个戴着老翁面具的黑影男人出现，用日本刀和弓箭在瞬间将三人杀害。与此事件同时，大阪，京都也相继发生了杀人事件。
根据搜查的结果，警视厅发布，被杀的5人都是往返东京大阪京都三大城市盗窃著名佛像和美术品的盗窃集团成员。他们似乎是以日本历史上最有名的悲剧武将——源义经的故事《义经记》为名，首脑化名“义经”，部下以“弁庆”为首，各自以家将姓名相称。是对盗窃集团怀恨之人所为吗？还是内部分裂而杀人呢？警视厅对犯罪动机也没有掌握有力的线索…… 一方面，小五郎带着柯南，兰，园子到访京都。在由绪的寺院——山王寺的住持告诉他们，8年前国宝级的佛像被盗走了，委托他们解读可以判断佛像藏匿地点的迷样的画像。
柯南从佛像被盗的事情怀疑是盗窃集团所为，事件开始向破解的方向进展。但很快，在他到达义经弁庆的传说流传的make by whyarmy历史遗迹——最著名的京都五条大桥开始追寻时，有个手持竹刀的男人突然来袭！ 在京都的五条大桥上，高个男子弁庆挥起长刺刀，牛若丸刀直劈而下！在栏杆上瞬间闪过的柯南惊奇的看到那个男子！那个男子竟是与工藤新一并称的西部高中生侦探-服部平次。平次是知道柯南的真实身份就是工藤新一的少数几人之一。他也是为了追寻在大阪发生的盗窃集团成员被杀事件的真相到了京都。总是在较劲的柯南与平次这次为了查出事件的真相而戮力合作。
但是，两人身边有个戴着老翁面具的黑影男人！ 在绵密交织的京都十字路口上，隐藏于历史暗影中的谜团与陷阱向柯南等人袭来！棘手案件与敏锐推理，友情与恋爱……
（柯南问灰原要了药，变回新一，代替服部去见盗窃集团成员）
柯南OVA 1 柯南VS基德VS Yaiba宝刀争夺大作战
有一天，柯南从学校放学回家，到家时小五郎正接见一位少女，令人惊讶的是，少女家中有一把名贵的宝刀，但是却被KID盯上发出了**的预告信。少女的名字叫做峰清，而且，与小清同居的少年，就是铁剑！要**宝刀的KID，为宝刀死守的铁剑，还有峰清所委托而来的柯南，宝刀到底会鹿死谁手？由此展开一场宝刀争夺大战。。。。结果却是梦一场
（爆笑的一集，柯南梦中的“奇遇”，变回新一）
柯南OVA 9 十年后的陌生人
柯南发了高烧，刚好灰原哀发明了新的APTX4869的解药，柯南服下后，便晕过去，梦见了十年后自己的生活：兰和原子早已是成年人，自己则和昔日的少年侦探团的成员步入高中，还创办了侦探俱乐部。而柯南却不记得这十年间发生了什么事，问哀，她告诉柯南由于近5年来柯南不断服用APTX4869的解药，导致体内产生抗体，所以就再也没有没有变回过工藤新一，而失忆恐怕是午休时造成的……当得知新出医生向兰求婚后，柯南便到处去找兰（因为兰去了以前和新一去过的地方重温曾经那段快乐时光了），在晚上时，柯南找到了兰，而兰坚强地说：“反正已经等了10年了，再等10也无所谓……”虽然得知兰不会答应新出的求婚，但柯南还是要说出自己的真实身份。诧异的是，兰已经不再相信柯南就是工藤新一了……大概就在这里，柯南从梦中醒来，一切又回到了现实……
（柯南做梦梦到十年后的自己，感情丰富的一集啊！!!)
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