A Thing I Never Forget一件我永远不会忘记的事
One day, I had a chance encounter that I will never forget I was walking along the beach, enjoying the soothing sound of the waves and the gentle breeze As I strolled, I noticed a stranded seagull, struggling in the sand
有一天,我经历了一次偶然的邂逅,我永远不会忘记。我漫步在海滩上,享受着波浪的悠扬声和微风的轻抚。当我散步时,我注意到一只搁浅的海鸥在沙滩上挣扎。
Without hesitation, I rushed to its aid Carefully, I picked it up and released it back into the sky The seagull flapped its wings with gratitude and soared into the open sky
我毫不犹豫地冲向它的救助。我小心地将它捧起,放回了天空中。海鸥感激地振翅飞向了广阔的天空。
In that moment, I felt an overwhelming sense of joy and fulfillment The grateful gaze of the seagull remains etched in my memory, reminding me of the power of kindness and compassion
那一刻,我感受到了无比的喜悦和满足。那只感激的海鸥的目光深深地铭记在我的记忆中,提醒着我善良和同情心的力量。That simple act of rescuing a stranded seagull taught me the value of helping others, no matter how small the gesture It reminded me that our actions, however insignificant they may seem, can make a difference in someone's life
那个简单的救助搁浅的海鸥的行为教会了我帮助他人的价值,无论这个举动多么微小。它提醒我,我们的行动,无论它们看起来多么微不足道,都能在某人的生活中产生影响。
From that day forward, I pledged to be more attentive to the needs of those around me and to embrace opportunities to make a positive impact The memory of that rescued seagull serves as a constant reminder of the profound effect a small act of kindness can have
从那天起,我发誓要更加关注身边人的需求,并抓住机会产生积极的影响。那只被我救助的海鸥的记忆始终提醒着我,一小片善良的行动可以产生深远的影响。
To lobby bar, taste a cup of scented tea, chat a happy things, together encounter scented tea of romance Rich fruit and sweet, rich vitamin and tartaric acid, can not only relieve emotional, more beauty to raise colour the effect
在单细胞分析当中,经常会遇到整合分析的问题,即去除多样本数据之间的 批次效应(batch effect) ,那么什么是批次效应呢?简而言之,批次效应就是由于不同时间、不同实验人员、不同仪器等因素造成的实验性误差,而非本身的生物学差异。如果我们不去除批次效应,那么这些差异就会和本身的生物学差异相混淆。但是随着测序成本的降低,单细胞测序已经“深入寻常百姓家”,所以在追求大数据量的同时,肯定会伴随着batch effect的产生,自然batch effect的去除就成为单细胞数据分析的重要技能。2020年发表在 Genome Biology 上的一篇文章系统性总结了目前的batch effect去除方法。
今天给大家分享几种目前使用比较广泛的单细胞数据整合分析的方法。 本次演示所使用的示例数据如有需要,可在留言区留言获取。
首先是直接使用merge()函数对两个单细胞数据进行直接整合,这时我们需要准备的输入文件为一个 由需要去除batch effect的Seurat对象组成的列表 ,那么如何实现呢?
注意,我们这里的数据是怎么存放的,我们在 GSE129139_RAW/ 这个文件夹下面存放着我们需要去除batch effect的样品数据,一个样品,一个文件夹,每个文件夹里面是什么就不用说了吧!
上面的code实际上做了这样的一件事:按顺序读取了存放着三个Read10X()输入文件的文件夹,并依次创建了Seurat对象,存放在一个名为sceList的列表中。
然后我们利用merge()函数进行数据的整合:
需要注意的是:(1)我们想把sample信息添加到cell barcode上,只需要添加addcellids参数即可,这个参数赋给它一个向量;(2)上述的merge()默认只会简单整合源数据(raw data),如果你的Seurat对象是已经经过NormalizeData()的,可以直接添加mergedata = TRUE,来merge标准化后的数据。
By default, merge() will combine the Seurat objects based on the raw count matrices, erasing any previously normalized and scaled data matrices If you want to merge the normalized data matrices as well as the raw count matrices, simply pass mergedata = TRUE This should be done if the same normalization approach was applied to all objects
这是Seurat为了适应大需求添加的新功能,锚点整合是从Seurat3开始上线的,其原理在这里不赘述,放出原始论文链接 Stuart , Butler , et al, Cell 2019 [Seurat V3]
同样是需要由几个Seurat对象组成的列表作为输入,不同的是, 我们需要提前对数据进行NormalizeData()和FindVariableFeatures()处理 :
需要注意的是,从这里开始,后面的数据分析请指定assay为integrated,否则你还在用原始的RNA assay进行分析,等于没整合。你可以通过以下命令更改默认assay,这样就不用每次都进行声明!
harmony单细胞数据整合方法于2019年发表在 Nature Methods 上,题为 Fast, sensitive and accurate integration of single - cell data with Harmony 。harmony整合方法算得上是一种比较好的方法,目前应用也是比较多的,原理见文章,这里继续展示具体流程:
需要注意的是,如果你用harmony整合,后续的下游分析,请指定 reduction = 'harmony' ,否则你的整合没有意义。
香港的吸血鬼**不多 看你说的内容我感觉相似的有2部
一部是《一咬OK》主 演 林子祥,关之琳,徐少强,郑柏林
李伯爵是一头已活了二百多年的僵尸,本性善良,从不咬人吸血,以致身体日渐虚弱。在一个生日派对上,伯爵邂逅安娜,并对她一见钟情。一次意外中,伯爵误伤孤儿柏林,他遂以体内的不死之血将柏林救活,可是却给安娜看到。安娜的兄长冯仁玉是个无恶不作,但已濒临死亡的大坏蛋,他从安娜口中得知伯爵的血能使人长生不死后,不惜设计将伯爵及安娜生擒。伯爵的家仆冒险将二人救出,途中遇仁玉手下,双方大打出手。激战中,柏林中枪坠危,伯爵为救柏林,不惜将他变成僵尸。同一时间,仁玉亦被伯爵所咬,在廿四小时后将变成凶残暴戾的僵尸。仁玉欲吸安娜的血以加速成为魔王,幸得家仆再次相救。在担心伯爵安危之际,安娜巧遇对僵尸素有研究的曾先生。二人前往伯爵匿藏之所,时仁玉杀至,与伯爵发生激战。伯爵不敌,千钧一发之际,安娜将自己鲜血献给伯爵,伯爵回复魔力,与仁玉在烈日之下同归于尽。安娜滴下伤心之泪,岂料将伯爵变回人类婴孩,众人遂展开新的生活。
另外一部是《僵尸医生》 主 演 陈雅伦 陈淑兰 林保怡
姜大聪是一位年轻的外科医生,与做护士的女友MAY共事一家医院。因一次赴苏格兰公干而邂逅了爱丽丝,一夜风流后即返港。回港后姜在生理与心理上皆起了变化,原来爱丽丝是一只女僵尸,姜被咬后也慢慢地变成僵尸。爱丽丝因放走姜被主人伯爵拷打,命其捉回姜,爱丽丝遂赶往香港找寻姜,处身二女之间,姜烦恼不已,后MAY识破爱丽丝的身份,请来法师捉妖……此时伯爵得知爱丽丝已背叛自己,追来香港欲置二人与死地……[2]
你去看看是不是这2部 望采纳
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