口袋妖怪魂银隐藏剧情触发

叉耳朵皮丘
此剧情请携带09年剧场版预约卷兑换的闪光皮丘触发。
携带闪光皮丘并放在队伍的第一位至ウバメのもり桐树林的神社处调查神社，叉耳朵皮丘就会从里面出来，并且和闪光皮丘成为好朋友，加入你的队伍一起旅行，前提是你身上有一个空位，没有的话也可以触发剧情，可以以后再去拿。另外还可以听到看守桐树林的老人讲一些有关拥有穿越时间能力的精灵传说。
三大空间神兽的诞生
此剧情请携带09年剧场版赠送的阿尔塞罗斯（720）并在升级完全国图鉴后触发
携带阿尔塞罗斯到アルフのいせき阿鲁夫遗迹的一所民家，可以触发剧情。考古学家会带着主角和羊驼一起进入遗迹，就在考古学家研究壁画的时候，主角被传送到了一奇怪的空间。出门一看居然来到了城都地区最北方的シントいせき新都遗迹，进入登山者小屋的门一看居然是新奥地区的冠军白菜姐姐，跟着白菜姐姐回遗迹，白菜姐姐说想举行仪式只能携带羊驼一只精灵，回去小屋把其他精灵存起来再回去。仪式只能诞生一只空间神兽，白菜姐姐会让你选择是右下法阵的帕路基亚或者左下法阵的迪亚路加或者上方法阵的奇拉蒂娜，精彩的剧情动画之后就可以得到你选择的空间神兽了，只有1级。剧情结束后自动传回阿鲁夫遗迹。
海皇牙&古拉顿
此剧情需要完成并领取6剧情的关东三主角后触发
在30号道路可以找到口袋妖怪爷爷的家（就是上来拿图鉴的小屋），他会告诉你收到了大木博士的信，并交给你一块宝玉，金心是あいいろのたま蓝色宝玉，银魂则是にじいろのたま虹色宝玉。携带这2块宝玉去湛蓝市穿过左方新增地图抵达47号道路，路上会遇到四岛馆主，他会告诉你利用攀岩可以抵达一个洞窟，在那里就可以见到海皇牙或古拉顿了。
裂空座
此剧情需要完成10剧情后触发
将10剧情获得的海皇牙和古拉顿传至同一卡带内，之后携带它们去真新镇找大木博士，可以获得もえぎいろのたま绿色宝玉（新葱色宝玉）。带着绿色宝玉去47号道路同样的地点就可以找到裂空座了，注意从宝石传来的海皇牙和古拉顿无法触发此剧情，必须使用在金心银魂版本所捕获的。
雪拉比时空穿越事件
此剧情需携带日后老任配信版雪拉比后触发（疑似10年剧场）
把雪拉比带到森林里的神社，然后配角就会来搭讪。不久会雪拉比就带你们穿越时空，来到3年前的22号道路。从对话中可获悉红毛和坂木是父子关系，坂木要红毛帮助复兴火箭队，红毛不肯，然后2人分道扬镳。之后又穿越到3年之后（时间断应该在主角灭掉广播塔火箭队基地前）的某个山洞（27号道路隐藏在瀑布后的那个，内部有一台收音机），发现坂木正在和占领广播塔的火箭队联系，然后上前，开战。坂木所携带的是lv42尼多王、lv43绅士乌鸦、lv46尼多后、lv40袋龙，都不强，带一个lv40多的水系或草系即可轻松灭之，战胜后坂木回忆起了3年前某个阻挠他计划的小子（白金山顶吹雪的某人=
=），说主角和他眼神很像，随后消失之。然后雪拉比又将男女主角传送回了森林。