diamond怎么调尺寸

1、用diamond软件打开一个cif文件，出现的对话框一直点下一步直至完成，然后将出现的图全部删掉。

2、在build-connectivity中点击evaluate，将所有不正确的键去掉，再点击fill--supercell，根据需要选择矩阵的大小，最后用快捷键ctrl+shift+S将残余结构长全，直至你需要的大小。

使用反差修改命令插入目标对象并输入对应参数。在Diamond中，使用反差修改命令插入目标对象并输入对应参数可以修改原子颜色。Diamond软件是一款功能强大的晶体结构绘制软件，拥有分子和聚合物扩展、多面体、搜索结构数据、自动和批量创建结构等，支持晶体结构着色和渲染以及批注，方便进行晶体结构的绘制和分析。

Diamond blastx功能可用于DNA序列比对蛋白库

e value解读

注释信息可以是物种，也可以是功能，比对就O了

-dbtype <String, nucl, prot>

-input_type <String, asn1_bin, asn1_txt, blastdb, fasta>

-title <String> Title for BLAST database

-parse_seqids Option to parse seqid for FASTA input

-out <String> Name of BLAST database to be created

-max_target_seqs: Maximum number of aligned sequences to keep Default = 500

-evalue: E值就是Score值可靠性的评价。

它表明在随机的情况下，其它序列与目标序列相似度要大于S值的可能性。所以它的分值越低越好。

-perc_identity: 序列一致性

-qcov_hsp_perc <Real, 0100> Percent query coverage per hsp。HSP是high scoring pair

Diamond 比对软件使用

The default e-value cutoff of DIAMOND is 0001 while that of BLAST is 10, so by default the program will search a lot more stringently than BLAST and not report weak hits

https://githubcom/tseemann/prokka/blob/master/READMEmd

default '1e-06'

1e-3

10

亲自测试是 1e-3